On s’intéresse à la nature et à la répartition des bactéries que l’on trouve dans le microbiote intestinal et plus généralement, tout le long du tube digestif.
I. Développement et diversité du microbiote intestinal
À la naissance, le nouveau né sort d’un environnement totalement stérile. Son tube digestif est stérile, c’est-à-dire qu’il ne contient aucune bactéries : le microbiote n’existe pas. Petit à petit, des bactéries viennent coloniser le tube digestif au fur et à mesure de l’alimentation du nourrisson, du bébé et du jeune enfant. On considère que cette colonisation dure plusieurs années, entre deux et six ans. À la fin de cette colonisation, l’enfant obtient un microbiote à peu près équivalent à celui d’un adulte. À ce moment-là, on trouve par exemple dans son estomac, mais aussi dans l’intestin, une bactérie qu’on appelle streptocoque, non pathogène ici. Dans l’intestin, on trouve aussi du lactobacille, du clostridium ou une bactérie qu’on appelle escherichia coli, toute une diversité de bactéries.
Chez un individu, il y a environ 200 espèces de bactéries différentes le long de son tube digestif. Cette diversité varie aussi d’un individu à un autre, nous n’avons pas tous les mêmes espèces ou dans les mêmes proportions. On classe les bactéries du microbiote intestinal en trois grandes familles :
- Les firmicutes : elles représentent environ 50 % du microbiote.
- Les bactéroidètes : elles représentent 10 à 40 % du microbiote.
- Les actinobactéries.
II. Flore dominante, sous-dominante et transitoire
En dehors de ces grandes familles, on peut aussi classer ces bactéries en fonction de leur action et de leur quantité le long du tube digestif. On définit ce qu’on appelle la flore dominante. Elle est constituée de quelques dizaines d’espèces (parmi les 200 qu’un individu peut présenter) qui représentent la plus grande quantité de bactéries. Par exemple, le bifidobacterium. Cette flore dominante est constituée de bactéries que l’on peut considérer comme protectrices. Elles se placent le long de la paroi et empêchent des bactéries plus néfastes d’y accéder. Il y a une compétition entre ces bactéries non pathogènes et protectrices et des bactéries qui pourraient provoquer des maladies. Comme les bactéries de la flore dominante sont en grande quantité, elles « gagnent » la compétition. Il y a donc un effet de barrière.
Il existe aussi une flore sous-dominante : par exemple, les streptocoques ou les lactobacilles. Cette flore sous-dominante est constituée de bactéries qui peuvent être pathogènes si elles se développent en grande quantité. Si l’individu n’est pas malade, la flore sous-dominante est présente mais avec un faible taux de développement des bactéries. Si, pour une quelconque raison, les bactéries sous-dominantes se développent, il y a une maladie intestinale.
Enfin, il y a la flore transitoire. Transitoire signifie qui ne dure pas. Cette flore transitoire varie au fur et à mesure de notre alimentation, de notre état de santé, etc. Elle est donc différente si on fait un prélèvement à un instant donné et un autre prélèvement à un moment différent de la vie de l’individu. Cette flore transitoire est constituée de bactéries non pathogènes. On cite par exemple : les entérobactéries.